MirGeneDB ID | Laf-Mir-2114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2114 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-2114 Cja-Mir-2114 Dno-Mir-2114 Eca-Mir-2114 Hsa-Mir-2114 Mml-Mir-2114 Pab-Mir-2114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010138.1: 546639-546698 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUCCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAAGGACAGGCCGCAGCCUCCGUGCUCCUAGUCCCUUCCUUGAAGAGGUCGGAUAAGCCACAUGAUGAGUCUCAAGCAAGGGACUUGGAGCUGGCAGCUUCUAGCAGCUUCCUGCUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACCAAGGACAGGCCGCA---| CU U U C A G-- GGAUAA GC CCG GCUCC AGUCCCUU CUUGA GA GUC \ CG GGU CGAGG UCAGGGAA GAACU CU UAG G CCUCGUCCUUCGACGAUCUU^ AC - U C - GAG UACACC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-2114_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGUCCCUUCCUUGAAGAGGUC -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Laf-Mir-2114_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAGUCUCAAGCAAGGGACUUGG -60
Get sequence
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