| MirGeneDB ID | Laf-Mir-142-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010058.1: 10514762-10514820 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P1-v1) |
Mir-142-P1-v4
GL010058.1: 10514760-10514822 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P1-v1 GL010058.1: 10514762-10514820 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P1-v2 GL010058.1: 10514762-10514820 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P1-v3 GL010058.1: 10514762-10514820 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-142-P1-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGAUGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACCACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGAUGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-142-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Laf-Mir-142-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
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| Variant | Laf-Mir-142-P1-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGAUGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACCACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGAUGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-142-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-142-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-142-P1-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGAUGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACCACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGAUGGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACCAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-142-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Laf-Mir-142-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-142-P1-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGCAGAUGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACCACGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGCAGAUGGACAGACAG--| G C A UAACAGCA ACAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C ACCGCACCAGAGGCUUCGGG^ G A C UGGGAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-142-P1-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-142-P1-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -63
Get sequence
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