MirGeneDB ID | Hru-Mir-12588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12588 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Lgi-Mir-12588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gastropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gastropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
gb|JALGQB010000184.1|:58662-58925: 102-160 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUACAAGAUAAGUUUGUUCCUGCUGUUGUGUGAUAGAUGCUGCAUUUGCUGGCUGCAAGAACGAGUAAAUGCAUCCUCUAUUACCCACACAGCCGGAGCACUGCAUCGACUAUUAUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGCUACAAGAUAAGUUU- U - U UGC -|GCUG GUUCC GCUGU UG GUGAUAGA UGCAUUUGCU G C CGAGG CGACA AC CAUUAUCU ACGUAAAUGA C A CUAUUAUCAGCUACGUCA C C C CCU G^AAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hru-Mir-12588_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUGAUAGAUGCUGCAUUUGCUG -23
Get sequence
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Star sequence | Hru-Mir-12588_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GUAAAUGCAUCCUCUAUUACCCA -59
Get sequence
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