| MirGeneDB ID | Hmi-Mir-12497-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12497 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Panther worm (Hofstenia miamia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hmi-Mir-12497-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sro-Mir-12497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. miamia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Acoela | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hofstenia_miamia.HmiaM1.dna.nonchromosomal) |
SCFE01000240.1: 635251-635303 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12497-P1) |
Mir-12497-P1
SCFE01000240.1: 635251-635303 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-12497-P2 SCFE01000240.1: 637242-637294 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUCAUGAUAAGGUCAGCAUGCAUUUAUUCGGGUGUGGUGAUUUCUGUACUUUCUAAAAGCCAGAGAUCCCCAGAACCCUAUAAAAUGUUUGCACAUUCGCCAUAAAAGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUCAUGAUAAGGUCA-- U AUUC G-| U UA UC GCA GCAUUU GGGU UGG GAUUUCUG CUU \ CGU UGUAAA CCCA ACC CUAGAGAC GAA U ACAGAAAAUACCGCUUACA U AUAU AG^ C C- AA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hmi-Mir-12497-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGUGGUGAUUUCUGUACUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Hmi-Mir-12497-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
30- GCCAGAGAUCCCCAGAACCCUAU -53
Get sequence
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