| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-8160-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8160 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-8160a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-8160-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mal-Mir-8160-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Acanthomorpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Acanthomorpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig356933: 258-315 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAUAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGAUGACAUCACCUGUUGCCGGGGCGGUCAGAAUAAUGCCAGCAGUCGGUCAGCGUGUAGCAGAGACCCACCCUGGUGUUAUUAGGACCGACCCGGGACCCAGACUACUGCAGGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGAUGACAUCACCUGUUG--| G AG CA C AGCGUG CCGGG CGGUC AAUAAUGCCAG GU GGUC \ GGCCC GCCAG UUAUUGUGGUC CA CCAG U CCAGGACGUCAUCAGACCCAG^ A GA C- C AGACGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-8160-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAAUAAUGCCAGCAGUCGGUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-8160-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCCACCCUGGUGUUAUUAGGA -58
Get sequence
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