| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-722-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-722-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-722-P1-v1 Gmo-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-722-P2-v1 Lch-Mir-722 Mal-Mir-722-P2-v1 Tni-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig110714: 203-267 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-P2-v2) |
Mir-722-P2-v1
contig110714: 203-267 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-722-P2-v2 contig110714: 203-267 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-722-P2-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAAAAGACCGCACUGGAACAGAAUGGGAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUUCACGGUAAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUCCUUUAUGUUCUCCCACAUCGCUGCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAAAAGACCGCACUG--| GAAU A C AUGUUUUCAC GAACA GGGAUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ CUUGU CCUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU G GAAGACGUCGCUACACCCU^ AUUU A U UGUGGAAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-722-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-722-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-722-P2-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAAAAGACCGCACUGGAACAGAAUGGGAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUUCACGGUAAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUCCUUUAUGUUCUCCCACAUCGCUGCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAAAAGACCGCACUG--| GAAU A C UGUUUUCAC GAACA GGGAUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ CUUGU CCUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU G GAAGACGUCGCUACACCCU^ AUUU A U GUGGAAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-722-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-722-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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