MirGeneDB ID | Ete-Mir-6529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-6529 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-6529 Cfa-Mir-6529 Cja-Mir-6529 Cpo-Mir-6529 Dno-Mir-6529 Eca-Mir-6529 Hsa-Mir-6529 Laf-Mir-6529 Mml-Mir-6529 Mmr-Mir-6529 Ocu-Mir-6529 Pab-Mir-6529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980333: 1729242-1729302 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAGAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAUCUUAGAUGAGAAAACCUGUUCUCUUGAGAGAUCAGAGGCGCAGAGUGCAUCAAUGUCUACGAAGCCUGUGCCUUUUACCUCUUUAAGAGCGCACGGUUUCAUUCUGCUCCUAAACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACAUCUUAGAUGAGAA- - U -| AUC A GCAUCAAU AACC UGU CUCUU GAGAG AGAGGCGCAG GU \ UUGG ACG GAGAA UUCUC UUUCCGUGUC CG G CCAAAUCCUCGUCUUACU C C U^ CAU - AAGCAUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ete-Mir-6529_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGAGAUCAGAGGCGCAGAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Ete-Mir-6529_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCUGUGCCUUUUACCUCUUUAA -61
Get sequence
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