MirGeneDB ID | Esc-Mir-12550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12550 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Obi-Mir-12550 Ovu-Mir-12550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044505.1: 90312667-90312727 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUCGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAAGAAGAAACAACACGAAGACUGUAAAGAUCGGUACAGUGGCUUUGGCCUGGAAUGGUAAUUUCCAAAGCUUCUCGUACCCAUCCUUAUGCUCUUUGGAAUAUCAACGCCUUUGCAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAAAGAAGAAACAACA-- CU A C -| U CCUGGAA CGAAGA GUAA GAU GGUAC AG GGCUUUGG U GUUUCU UAUU CUA CCAUG UC UCGAAACC G AACGUUUCCGCAACUAUAAG CG C C C^ U UUUAAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Esc-Mir-12550_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUCGGUACAGUGGCUUUGGC -22
Get sequence
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Star sequence | Esc-Mir-12550_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAAGCUUCUCGUACCCAUCCUU -61
Get sequence
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