MirGeneDB ID | Esc-Mir-12549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12549 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Obi-Mir-12549 Ovu-Mir-12549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044493.1: 8001234-8001296 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUCCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUGUGGUCUUCUAUUGAAUACUGUCGCUUUUUCCCGAAGUUGCGAAUCUGCAAACUGGAUAUCAAACGAGAUUUGCCAUUUCGUGAAAAUAGUGACGCUAUCUUCUCAACAACGUAGACAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAUGUGGUCUUCUAUUGA- C -| C U GCAAACUGG AUA UGUCGCU UUUUC CGAAGU GCGAAUCU \ UAU GCAGUGA AAAAG GCUUUA CGUUUAGA A AACAGAUGCAACAACUCUUC C U^ U C GCAAACUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Esc-Mir-12549_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUCCCGAAGUUGCGAAUCUG -22
Get sequence
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Star sequence | Esc-Mir-12549_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GAUUUGCCAUUUCGUGAAAAUA -63
Get sequence
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