MirGeneDB ID | Esc-Mir-12511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12511 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Obi-Mir-12511 Ovu-Mir-12511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044489.1: 66981733-66981795 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCACGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAGAGAUUGCUAUAAACUGGCUGGUAGUACCUGAGUUUUCACUGGUGUCAGAGAGUAAAUUAGAUUUAUGACCACGGUGUAGAAUUCAGGUACCAAAAGCAAACUACCAACGAAUAUAGAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAGAGAUUGCUAUAAACUG-- GGUA -| GU GAGAGUAA GCU GUACCUGAGUUUU CACUG GUCA A CGA CAUGGACUUAAGA GUGGC CAGU U AAAGAUAUAAGCAACCAUCAAA AAAC U^ AC AUUUAGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Mir-12511_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUGAGUUUUCACUGGUGUCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Mir-12511_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACCACGGUGUAGAAUUCAGGUA -63
Get sequence
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