| MirGeneDB ID | Esc-Mir-12505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Npo-Mir-12505 Obi-Mir-12505 Ovu-Mir-12505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044516.1: 23092859-23092916 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUAUUUAUUCGAGAGCUCAGUUCAAUCCCGGGGCCCCUUAAGCUCCGUGUUUUGUCGAUCGUGCGGAACAUAAGGGCCCCUGGGAUUGUGUGCGGCCAGCCAGCAAACAGUUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAAUAUUUAUUCGAGA-----| U GUU C AGC GUUUUG GC CA CAAUCCCGGGG CCCUUA UCCGU U CG GU GUUAGGGUCCC GGGAAU AGGCG C AAGUUGACAAACGACCGACCGG^ U --- C ACA UGCUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Esc-Mir-12505_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGGGGCCCCUUAAGCUCCGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Esc-Mir-12505_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGGAACAUAAGGGCCCCUGGGA -58
Get sequence
|
