MirGeneDB ID | Esc-Mir-12501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12501 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Npo-Mir-12501 Obi-Mir-12501 Ovu-Mir-12501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044513.1: 73417788-73417845 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAGUAAGCUACAUUAAAGUUGGUUGCAACAGGGUAGAUAUAGGGCCCGUGUAGAUUUGAAUCCGUCGGUCAUAUGUCUGCCUGAUUGUAAUCGAUUUAAACCACAACGUUUAAGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUAAGUAAGCUACAUUA--| CA G CG UAGAU AAGUUGGUUGCAA GGGUAGAUAUA GGCC UG U UUUAGCUAAUGUU UCCGUCUGUAU CUGG GC U UAGAAUUUGCAACACCAAA^ AG A CU CUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Esc-Mir-12501_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGGUAGAUAUAGGGCCCGUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Esc-Mir-12501_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGGUCAUAUGUCUGCCUGAUU -58
Get sequence
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