| MirGeneDB ID | Efe-Mir-2707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2707 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2707 Pdu-Mir-2707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.594977: 35-93 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2707-v1) |
Mir-2707-v1
Efet.01.594977: 35-93 [-]
Mir-2707-v2 Efet.01.594977: 35-93 [-] |
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| Variant | Efe-Mir-2707-v1 |
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| Seed | GUCAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAUACAUAUGGAUAUGCGUUAGACUUCUGUCAAGCAGAUUAAGUAUUGAUGACAAUCAGUUCAAUACUUAUUCCGCUUCUGGCAGAAGGCUCUCGCUGCUGAACUGCAGCAGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCAUACAUAUGGAUAU-- UU A --| A U UGACA GCG AG CUUCUGUCA AGC GA UAAGUAUUGA \ CGC UC GAAGACGGU UCG CU AUUCAUAACU A CGACGACGACGUCAAGUCGU UC G CU^ C U UGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Efe-Mir-2707-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCAAGCAGAUUAAGUAUUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Efe-Mir-2707-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAUACUUAUUCCGCUUCUGGCAGA -59
Get sequence
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| Variant | Efe-Mir-2707-v2 |
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| Seed | UACUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAUACAUAUGGAUAUGCGUUAGACUUCUGUCAAGCAGAUUAAGUAUUGAUGACAAUCAGUUCAAUACUUAUUCCGCUUCUGGCAGAAGGCUCUCGCUGCUGAACUGCAGCAGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCAUACAUAUGGAUAU-- UU A --| A U AUGACA GCG AG CUUCUGUCA AGC GA UAAGUAUUG \ CGC UC GAAGACGGU UCG CU AUUCAUAAC A CGACGACGACGUCAAGUCGU UC G CU^ C U UUGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-2707-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCAAGCAGAUUAAGUAUUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-2707-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUACUUAUUCCGCUUCUGGCAGA -59
Get sequence
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