| MirGeneDB ID | Efe-Mir-2000-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-2000-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2000 Snu-Mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.1442459: 57-114 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAGGUGCCAAUUUGACACAAAUUCCUGUCUAAAAGUACAGCAGGCUUUAAGUAUAUGCAACGUUAAAGUCUUCUCUACUUUUAGUUAGGUUUUGAACGCGACGUCUCUGGCACAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UACAGGUGCCAAUUUGACA---| UU U C C GUAUA CAAA CCUG CUAAAAGUA AG AGGCUUUAA U GUUU GGAU GAUUUUCAU UC UCUGAAAUU G CUACACGGUCUCUGCAGCGCAA^ U- U C U GCAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-2000-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAAAGUACAGCAGGCUUUAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-2000-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAAGUCUUCUCUACUUUUAGUU -58
Get sequence
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