MirGeneDB ID | Efe-Mir-184-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGACGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Efe-Mir-184-o1 Efe-Mir-184-o3 Efe-Mir-184-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-184 Aca-Mir-184 Ami-Mir-184 Asu-Mir-184 Bfl-Mir-184 Bge-Mir-184 Bla-Mir-184 Bpl-Mir-184 Bta-Mir-184 Cfa-Mir-184 Cin-Mir-184 Cli-Mir-184 Cmi-Mir-184 Cpi-Mir-184 Cpo-Mir-184 Dan-Mir-184 Dma-Mir-184 Dme-Mir-184 Dmo-Mir-184 Dno-Mir-184 Dpu-Mir-184 Dre-Mir-184-P2 Dsi-Mir-184 Dya-Mir-184 Esc-Mir-184 Ete-Mir-184 Gga-Mir-184 Gja-Mir-184 Gmo-Mir-184-P2 Hme-Mir-184 Hsa-Mir-184 Isc-Mir-184 Lan-Mir-184 Lch-Mir-184 Loc-Mir-184 Mal-Mir-184-P2 Mdo-Mir-184 Mml-Mir-184 Mmu-Mir-184 Npo-Mir-184 Oan-Mir-184 Ocu-Mir-184 Pbv-Mir-184 Pfl-Mir-184 Pma-Mir-184 Pmi-Mir-184 Rno-Mir-184 Sha-Mir-184 Sko-Mir-184 Spt-Mir-184 Spu-Mir-184 Sto-Mir-184 Tca-Mir-184 Tgu-Mir-184 Tni-Mir-184-P2 Xtr-Mir-184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.63752: 518-578 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCGACGAUGUCUUUGUUUGCGCCACGUUUCCUUAUCACUGAUCUGGUCCGGUGUGGCGAUUUAACAACUGGACGGAGAACUGAUAAGGGCAGGUGGUCACCGUUCCUCCAGGAAAAACUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCGACGAUGUCUUUGUU---| C GUU CUGA G GUGGCG UG GCCAC UCCUUAUCA UCUG UCCGGU A AC UGGUG GGGAAUAGU AGGC AGGUCA U CUCAAAAAGGACCUCCUUGCC^ - GAC CAAG - ACAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Efe-Mir-184-o2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUUAUCACUGAUCUGGUCCGGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Efe-Mir-184-o2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGACGGAGAACUGAUAAGGGC -61
Get sequence
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