| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-30-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-30-P1e Ebu-Mir-30-P1f Ebu-Mir-30-P1g Ebu-Mir-30-P2e Ebu-Mir-30-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009227.1: 519900-519958 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2f) |
Mir-30-P1f
FYBX02009227.1: 519673-519731 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2f FYBX02009227.1: 519900-519958 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAAGGGGAUGGUGUUGGGUCCAGGUGCUGUAAACACCCUACACUCUCAGCUGGAAUUAAUGUUAGCUGGGAGGGGGUGUUUGCUGCACCUACCUCAAACAAACAACUGCUGGUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAAAAGGGGAUGGUGU--- -| CC U ACA GGAAU UG GGU AGGUGC GUAAACACCCU CUCUCAGCU U AC CCA UCCACG CGUUUGUGGGG GAGGGUCGA A CUCUGGUCGUCAACAAACAA U^ -- U --- UUGUA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-30-P2f_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACACCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-30-P2f_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGAGGGGGUGUUUGCUGC -59
Get sequence
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