MirGeneDB ID | Ebu-Mir-218-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-218-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02008409.1: 3657243-3657306 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUCAACGCAAGCUCUGCGUGGCUUGCCCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGCGAUGGCGAGGUAUAGGAACACCGUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGCAGGCUGCGCCUUGUUGUCACACACACGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUCAACGCAAGCUCU--| UG CUU CU CGAUGGCGAG GCG GCUUGCC GUGCUUGAU AACCAUG G CGC CGGACGG CACGAACUG UUGGUGC U CGCACACACACUGUUGUUC^ GU CGC UC CACAAGGAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-218-P6_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGCGAU -24
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-218-P6_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACCGUGGUUCUGUCAAGCACCGCG -64
Get sequence
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