MirGeneDB ID | Ebu-Mir-218-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-218-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010432.1: 2263972-2264037 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGACCGUUCCUGCUGCGCGGCUUUCCCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGCUUGCUCCGAACGCGAAAACAACAUGGUUCCUUCAAGCACCAGGGACGGCCGUGUUUCUUCCUGCCUUCCUUCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGACCGUUCCUGCU--| U U UCU GCUUGCUCCG GCGCGGCU UCCCU GUGCUUGA AACCAUGU A UGUGCCGG AGGGA CACGAACU UUGGUACA A UCUUCCUUCCGUCCUUCUU^ C C UCC ACAAAAGCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-218-P5_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGCUUGAUCUAACCAUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-218-P5_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- CAUGGUUCCUUCAAGCACCAGG -66
Get sequence
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