| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-138-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-138-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010442.1: 4688859-4688919 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUAUUAUCCAAAGUCUGGUGUCCUGCUCAAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGUAAGUACUACCUCUCGGCCUUUUCACAGCACCAGGUGUAGCAAUGCACUCUUCUGCACCUGAAACGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUAUUAUCCAAAGUCU-- CC -| AG UC UAAGUA GGUGU UGCU CA CUGGUGUUGUGAA AGGCCG C UCACG ACGA GU GACCACGACACUU UCCGGC U UUGCAAAGUCCACGUCUUC UA U^ G- U- UCUCCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-138-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-138-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCCUUUUCACAGCACCAGGUGU -61
Get sequence
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