| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-956 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dsi-Mir-956-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
3L: 11468691-11468819 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-956-v2) |
Mir-314
3L: 11468004-11468091 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-956-v1 3L: 11468691-11468819 [-] UCSC Ensembl Mir-956-v2 3L: 11468691-11468819 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dsi-Mir-956-v2 |
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| Seed | UCGAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGUGCUCUUUUCCUGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCAGUUUGCCCGGAGACGCCGGUUGCCCAAGCACUGAAAUGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAGCAUUUUCCACAAUAUGCAAAUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 UUGAUAUGUGCUCUUUUCCUGAUC- AUC U-| A UU UAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCA GUU GUG UUGGA UGGUCUCG AGC G CGA UAC AAUCU ACCAGAGC UUG U CUACUUAAACGUAUAACACCUUUUA CGU CU^ C U- AUGUGUAAAGUCACGAACCCGUUGGCCGCAGAGGCCCGUU 180 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-956-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-956-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
107- UUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -129
Get sequence
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| Variant | Dsi-Mir-956-v1 |
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| Seed | UUCGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGUGCUCUUUUCCUGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCAGUUUGCCCGGAGACGCCGGUUGCCCAAGCACUGAAAUGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAGCAUUUUCCACAAUAUGCAAAUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 UUGAUAUGUGCUCUUUUCCUGAUC- AUC U-| A UU AACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCA GUU GUG UUGGA UGGUCUCG AGCU G CGA UAC AAUCU ACCAGAGC UUGA U CUACUUAAACGUAUAACACCUUUUA CGU CU^ C U- UGUGUAAAGUCACGAACCCGUUGGCCGCAGAGGCCCGUU 180 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-956-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-956-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
106- UUUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -129
Get sequence
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