| MirGeneDB ID | Dpu-Novel-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DPU-NOVEL-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. pulex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. pulex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_6: 2376718-2376781 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-4) |
Novel-4
DAPPUscaffold_6: 2376718-2376781 [+]
Ensembl
Novel-1 DAPPUscaffold_6: 2376913-2376973 [+] Ensembl |
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| Seed | AAAAUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUGAGGCUUUGAUAUCCUGGGGAUGUAAAGGAGAUUGGUUAAAUUUAUGAGUGAAAUGUAUGAAUCCUCUAAAAUUUGCCUCAACCUCCUAAACAUUCACAGGCCAAACCAGCAAAUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGUGAGGCUUUGAUAU-- G AA A -|U AU GUGAAAUG CCUG GGAUGU AGGAG UUG G UAAAUUU GA \ GGAC CUUACA UCCUC AAC C GUUUAAA CU U UCAUCUAAACGACCAAACC A AA C U^C AU CCUAAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a mismatch between the 5p reads and the genome but everything else looks good. This could be either a mis-sequence or a SNP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Novel-4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAGAUUGGUUAAAUUUAUGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Novel-4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAAAUUUGCCUCAACCUCCUAA -64
Get sequence
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