MirGeneDB ID | Dpu-Mir-12608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12608 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dma-Mir-12608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
CAJVNM010000013.1:1301350-1301500: 54-115 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUAAUUUGUUUAGUCGAGCCAAGCAUCAGGGGGGAACUUUACUCAGUUUGAUUCAUAUUAUAUGCAAAUCACUGGGUACGUUCGCCCUUGGUGAAUGAAUCUUAAACUUCUAUUUUGAACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUAAUUUGUUUAGUC--| GC AG G UU UU CAUAUU GA CA CAUCAGGGG GAAC UACUCAGU GAUU \ CU GU GUGGUUCCC CUUG AUGGGUCA CUAA A CAAGUUUUAUCUUCAAAUU^ AA AA G C- -- ACGUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Dpu-Novel-6 is not in the Ensembl assembly but is in the latest assembly at Genbank (PA42 4.2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-12608_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGGGAACUUUACUCAGUUUGAUU -25
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-12608_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCACUGGGUACGUUCGCCCUUG -62
Get sequence
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