| MirGeneDB ID | Dmo-Novel-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DMO-NOVEL-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6308: 1307557-1307617 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-4) |
Novel-1
scaffold_6308: 1299051-1299113 [+]
Ensembl
Novel-7-P1 scaffold_6308: 1299217-1299282 [+] Ensembl Novel-2 scaffold_6308: 1299584-1299647 [+] Ensembl Novel-7-P2 scaffold_6308: 1299769-1299834 [+] Ensembl Novel-7-P3 scaffold_6308: 1299938-1300001 [+] Ensembl Novel-7-P4 scaffold_6308: 1300283-1300343 [+] Ensembl Novel-8 scaffold_6308: 1300429-1300488 [+] Ensembl Novel-3-v1 scaffold_6308: 1300635-1300699 [+] Ensembl Novel-3-v2 scaffold_6308: 1300635-1300699 [+] Ensembl Novel-9 scaffold_6308: 1301213-1301269 [+] Ensembl Novel-4 scaffold_6308: 1307557-1307617 [+] Ensembl Novel-10 scaffold_6308: 1307931-1307995 [+] Ensembl Novel-5-P1a scaffold_6308: 1308226-1308286 [+] Ensembl Novel-5-P1b scaffold_6308: 1308488-1308548 [+] Ensembl Novel-5-P2 scaffold_6308: 1308803-1308865 [+] Ensembl Novel-5-P3 scaffold_6308: 1309091-1309153 [+] Ensembl Novel-5-P4 scaffold_6308: 1309335-1309397 [+] Ensembl Novel-5-P5 scaffold_6308: 1309592-1309653 [+] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUAAUAUACAUACAUAUAUAUAGAUACACAUAUGCGAUGUUUGCUCAAAAUUUGGUUCGAUAUAGUUCUGAGCAUAUGUUGCAUACAUGUAUAUAUAUAUUUGAGCAUCACUGAUUGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUAAUAUACAUACAU--| G CA U AAAUUUGGUU AUAUAUA AUACA UAUGCGAUGU UGCUCA \ UAUAUAU UAUGU AUACGUUGUA ACGAGU C CUGUUAGUCACUACGAGUU^ A AC U CUUGAUAUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Novel-4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAUGCGAUGUUUGCUCAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Novel-4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUGAGCAUAUGUUGCAUACAUG -61
Get sequence
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