MirGeneDB ID | Dmo-Mir-974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-974 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-974 Dme-Mir-974 Dsi-Mir-974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
AAPU01008234.1: 40-103 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
NNNNUCAAUCAGACGCUGGGCAUUCCCUCUGAGCGAGCAGAGAAGUAUUAUUUGCGUGCAUCUGAUAUCAAAUAAAACUUUUUUGGUUGCUGCGAGGUAUUGUUGAAAUGUAAACGUUGCUCGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 NNNNUCAAUCAGACGCUG--| UUC UG G A UUGCGUGCA GGCA CCUC AGCGA CAGAGAAGU UUAU U UUGU GGAG UCGUU GUUUUUUCA AAUA C CGCUCGUUGCAAAUGUAAAG^ UAU CG G A AACUAUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a deletion in the 3p arm in the assembly relative to the read and because of the misassembly this mistake has been fixed in an edited trace. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dmo-Mir-974_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCGAGCAGAGAAGUAUUAU -21
Get sequence
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Star sequence | Dmo-Mir-974_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AAAACUUUUUUGGUUGCUGCG -64
Get sequence
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