| MirGeneDB ID | Csc-Novel-5-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | CSC-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Novel-5-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384667.1: 172176-172245 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5-P1a) |
Novel-5-P1a
NW_019384667.1: 172176-172245 [+]
Ensembl
Novel-5-P1b NW_019384667.1: 189401-189470 [+] Ensembl |
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| Seed | UCGUCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGUGAAUGCAUAACUAAGGUAUGAGAAUGGGUAAACACAAUAGAUGGAUGGAGACAAAAUAGCAUCUCCCCCUACAUUCGUCUACUGUGUUCACCUGUUUUCUUGCUUUGAGACGACACGUUUCUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGUGAAUGCAUAACU--| U A A GAGACAAAAUA AAGGUA GAGAAUGGGU AACACA UAGAUGGAUG G UUUCGU CUUUUGUCCA UUGUGU AUCUGCUUAC C ACUUCUUUGCACAGCAGAG^ U C C AUCCCCCUCUA . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Csc-Novel-5-P1a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUAAACACAAUAGAUGGAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Csc-Novel-5-P1a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- UUCGUCUACUGUGUUCACCUGU -70
Get sequence
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