| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_26: 13411984-13412044 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
scaffold_26: 13411983-13412045 [+]
UCSC
Mir-361-v2 scaffold_26: 13411984-13412044 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGAAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAUAAUUUGUAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUCCUUUGAGAAUCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUGAUUCUUUCCUG-- UUU UU U--| A U UAUAAU GGA GGAAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U UCACUAAGAGUUUCCUCCU CUU UU UGU^ A C AAAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGUGAUUCUUUCCUGGGAUUUGGAAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAUAAUUUGUAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCUCCUCCUUUGAGAAUCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACAGUGAUUCUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUAUAAU GGGA GGAAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC \ UCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U GUCACUAAGAGUUUCCUCC CUU UU UGU^ A C AAAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-361-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -63
Get sequence
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