| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-154-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-154-P1 Cpo-Mir-154-P2-v1 Cpo-Mir-154-P3-v1 Cpo-Mir-154-P4 Cpo-Mir-154-P5 Cpo-Mir-154-P6a-v1 Cpo-Mir-154-P6c Cpo-Mir-154-P7 Cpo-Mir-154-P8-o1 Cpo-Mir-154-P9 Cpo-Mir-154-P10 Cpo-Mir-154-P12 Cpo-Mir-154-P14 Cpo-Mir-154-P16 Cpo-Mir-154-P17 Cpo-Mir-154-P18 Cpo-Mir-154-P19 Cpo-Mir-154-P20 Cpo-Mir-154-P21 Cpo-Mir-154-P22 Cpo-Mir-154-P23 Cpo-Mir-154-P24 Cpo-Mir-154-P26 Cpo-Mir-154-P28-v1 Cpo-Mir-154-P29 Cpo-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P31 Cpo-Mir-154-P32 Cpo-Mir-154-P33 Cpo-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P11 Cfa-Mir-154-P11 Cja-Mir-154-P11 Dno-Mir-154-P11 Eca-Mir-154-P11 Ete-Mir-154-P11 Hsa-Mir-154-P11 Laf-Mir-154-P11 Mml-Mir-154-P11 Mmr-Mir-154-P11 Mmu-Mir-154-P11 Ocu-Mir-154-P11 Pab-Mir-154-P11 Rno-Mir-154-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 1090490-1090547 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P11) |
Mir-154-P1
scaffold_111: 1082082-1082140 [+]
UCSC
Mir-154-P2-v2 scaffold_111: 1083270-1083327 [+] UCSC Mir-154-P2-v1 scaffold_111: 1083271-1083326 [+] UCSC Mir-154-P3-v1 scaffold_111: 1083727-1083781 [+] UCSC Mir-154-P3-v2 scaffold_111: 1083728-1083780 [+] UCSC Mir-154-P4 scaffold_111: 1084914-1084970 [+] UCSC Mir-154-P5 scaffold_111: 1085473-1085528 [+] UCSC Mir-154-P6a-v1 scaffold_111: 1085632-1085687 [+] UCSC Mir-154-P6a-v2 scaffold_111: 1085632-1085687 [+] UCSC Mir-154-P7 scaffold_111: 1085914-1085971 [+] UCSC Mir-154-P8-o1 scaffold_111: 1086616-1086675 [+] UCSC Mir-154-P9 scaffold_111: 1088359-1088414 [+] UCSC Mir-154-P10 scaffold_111: 1088693-1088749 [+] UCSC Mir-154-P11 scaffold_111: 1090490-1090547 [+] UCSC Mir-154-P12 scaffold_111: 1091798-1091855 [+] UCSC Mir-376-P2 scaffold_111: 1095062-1095119 [+] UCSC Mir-376-P3 scaffold_111: 1095388-1095445 [+] UCSC Mir-154-P14 scaffold_111: 1095544-1095600 [+] UCSC Mir-376-P4 scaffold_111: 1095759-1095816 [+] UCSC Mir-376-P5 scaffold_111: 1096085-1096142 [+] UCSC Mir-154-P16 scaffold_111: 1097764-1097823 [+] UCSC Mir-154-P17 scaffold_111: 1099199-1099261 [+] UCSC Mir-154-P18 scaffold_111: 1099737-1099794 [+] UCSC Mir-154-P19 scaffold_111: 1100599-1100662 [+] UCSC Mir-154-P20 scaffold_111: 1101145-1101203 [+] UCSC Mir-154-P21 scaffold_111: 1102750-1102809 [+] UCSC Mir-154-P22 scaffold_111: 1104334-1104387 [+] UCSC Mir-154-P23 scaffold_111: 1104622-1104679 [+] UCSC Mir-154-P24 scaffold_111: 1107038-1107095 [+] UCSC Mir-134 scaffold_111: 1107399-1107459 [+] UCSC Mir-154-P26 scaffold_111: 1112305-1112362 [+] UCSC Mir-154-P28-v2 scaffold_111: 1113039-1113094 [+] UCSC Mir-154-P28-v1 scaffold_111: 1113040-1113093 [+] UCSC Mir-154-P29 scaffold_111: 1114436-1114495 [+] UCSC Mir-541 scaffold_111: 1116256-1116321 [+] UCSC Mir-154-P30 scaffold_111: 1117072-1117125 [+] UCSC Mir-154-P31 scaffold_111: 1117221-1117276 [+] UCSC Mir-154-P32 scaffold_111: 1117336-1117391 [+] UCSC Mir-154-P33 scaffold_111: 1117656-1117711 [+] UCSC Mir-154-P6c scaffold_111: 1118056-1118114 [+] UCSC Mir-154-P34 scaffold_111: 1118353-1118408 [+] UCSC |
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| Seed | AACAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCCGGUGCCGACAUGUGGUGCUUAAUGAGAAGUUGCCCGUGUCUUUUUCGCUGUAUUUGUGACGAAACAUUCGCGGUGCACUUCUUUUUCAGUAUCCUAUUUUCCAUCAAAGAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCCCGGUGCCGACAUGU--| U U U - UCUU CUGUA GGUGCU AA GAGAAGU GC CCGUG UUUCG U CUAUGA UU UUCUUCA CG GGCGC AAAGC U UUUAGAAACUACCUUUUAUC^ C U - U UUAC AGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-154-P11_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAGUUGCCCGUGUCUUUUUCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-154-P11_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAACAUUCGCGGUGCACUUCUU -58
Get sequence
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