MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9597 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584680: 5293575-5293634 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGUAAUGGAUGUCAGGCACUUGGGCCCAGAUCCUAAGACGUAUUUAGAUGCUUAACAUUAGAUACCUAAAUAUCUUUCAGGAUCUGGGCCCUGAUGAAUAUUCCAACAGUAUACCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGUAAUGGAUGUCAGG--| CUU A C AUGCUUAA CA GGGCCCAGAUCCU AGA GUAUUUAG C GU CCCGGGUCUAGGA UUU UAUAAAUC A GACCAUAUGACAACCUUAUAA^ AGU C C CAUAGAUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpi-Mir-9597_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0037990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUCCUAAGACGUAUUUAG -20
Get sequence
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Mature sequence | Cpi-Mir-9597_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAAAUAUCUUUCAGGAUCUGG -60
Get sequence
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