MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9594 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584595: 317716-317776 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUAGAAACGUAUUAGGCCAUAUCCUCAGACAGUGUAAAUCGGCAUAGCGCUUUUAACUUCAGUGGAUCUGUGCUAAUUUACAUCUGCCGAGGACCUGGCCCAUUAUACUGUAUGAUCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGUAGAAACGUAUUAG---| UA AGA - CG CG UUUUAA GCCA UCCUC CAG UGUAAAU GCAUAG C C CGGU AGGAG GUC ACAUUUA CGUGUC G U CUCUAGUAUGUCAUAUUACC^ CC CC- U AU UA GUGACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9594_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAGUGUAAAUCGGCAUAGCGC -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpi-Mir-9594_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUGUGCUAAUUUACAUCUGCCG -61
Get sequence
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