MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9590 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584466: 1371325-1371390 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAAAUUUCGGUACAAUGGGCUGAUGUGCAGUGGUGCUGAGAACCUGCAGUUCCCAUUAACUUUAGUGAAAUCUGGAGAUGCUCAGCACUUCUGAACAACAGAUCACUUUUAUCUACAUGCCUAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUAAAUUUCGGUACAA--| GG A G U AAC G UUCCCAUUAA UG CUG UGU CAG GGUGCUGAG CU CAG C AC GAC ACA GUC UCACGACUC GA GUC U AAUCCGUACAUCUAUUUUC^ UA A A U GUA G UAAAGUGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9590_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUGCUGAGAACCUGCAGUU -23
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-9590_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CUGGAGAUGCUCAGCACUUCUGA -66
Get sequence
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