MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9588 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584750: 4027645-4027702 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCAGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAAGCAACACCAAAGUUCAAGACUAUACCCUCAGAUGUGUCUACUAGUCUGGGCUCAAUCACAGAUUAGGGGCAACAUCUGGGCUAGAGCCUGAGCUAAUUCUUCAGUGAAGACAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGAAGCAACACCAAAG----| A A A C U - A GGGCU UUCA G CU UA CC CAGAUGU GUCU CUAGUCU C GAGU C GA AU GG GUCUACA CGGG GAUUAGA A UACAGAAGUGACUUCUUAAUC^ - C G C - A - CACUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9588_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCAGAUGUGUCUACUAGUCU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-9588_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUUAGGGGCAACAUCUGGGCUA -58
Get sequence
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