MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9587 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584446: 954091-954147 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGAAGCGUGUGCAUCCGGCCAUCCCUCUUCAGCAAAGCACCGAAGCACACGCAUCACCUAAAGCGCAUGCGUCGGUGCUGCUCAGAAGAGUGGCGGACUGCUGCUCCAGACCUGGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCGAAGCGUGUGCAUCCG----| UCC -- AA A CA CAUCA GCCA CUCUUC AGCA GCACCGA GCA CG C CGGU GAGAAG UCGU CGUGGCU CGU GC C CGGUCCAGACCUCGUCGUCAGG^ --- AC -- G AC GAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9587_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAAAGCACCGAAGCACACG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpi-Mir-9587_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GCAUGCGUCGGUGCUGCUCAGA -57
Get sequence
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