MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9586 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584521: 616846-616904 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAUCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUGAAUGCAAUCAACAGAGACUUGGGCCUUGAUCCUGCCAUGAUCUCUGCAGAAACAAACCCUUGUGGAGCUCAUUGCAGGACUGGGACCUUAGUUUUCAAGUUCUUCCACUGUUGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUAUGAAUGCAAUCAACA- U -| UGA C U UG GAAAC GAGACU GGG CCU UCCUGC AUGA CUC CA A UUUUGA UCC GGG AGGACG UACU GAG GU A CGUUGUCACCUUCUUGAAC U A^ UC- U C GU UCCCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9586_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAUCCUGCCAUGAUCUCUGCA -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpi-Mir-9586_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGGAGCUCAUUGCAGGACUGGG -59
Get sequence
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