MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9583 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584564: 1237382-1237441 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGGGCCACUGCUUGGGAUGGAUGGGAGCCAGCAGUCGGAGAAGAAGAGACGGUGACUAACCUCCGUAACUUGUUCUUCGAGAUGUUGCUCACGUCCAGUCCAUGACCCGCCCUCCAUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCAGGGCCACUGCUUGGGA--| G C G- G AG GUGAC UGGAUG GAGC AGCA UCGGAGAA AAG ACG U ACCUGC CUCG UUGU AGCUUCUU UUC UGC A CUACCUCCCGCCCAGUACCUG^ A - AG G AA CUCCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9583_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGUCGGAGAAGAAGAGACG -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpi-Mir-9583_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAACUUGUUCUUCGAGAUGUUGC -60
Get sequence
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