MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9581 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584390: 702199-702260 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGCCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCCCCUCUGCAUUCGGGGCCAGCGCCUCGGCUGGCGUACGUUGGCGUUGCUCCAUUGAAGCCAGCAGCUACGCCGACGUGAGCCAGCUGAUGCUCUGGCCCUCGGCAUCUCACGCGUUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCCCCUCUGCAUUCG--| C C G U UCCAUUG GGGCCAG GC UCGGCUGGC UACGUUGGCGU GC A CCCGGUC CG AGUCGACCG GUGCAGCCGCA CG A AGUUGCGCACUCUACGGCU^ U U A U ACGACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpi-Mir-9581_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0037958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUGGCGUACGUUGGCGUUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpi-Mir-9581_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACGCCGACGUGAGCCAGCUGA -62
Get sequence
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