| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9580 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-9580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584581: 6053420-6053478 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAACUCUGAAGUCUGUGGGUAUGCAUACGCUAUGGGGACAAUACUGGCAUAGCUUUAGCACCCUAGCUAUGCCGGCAUAGCCCCAUGGUGUGUAGACUCACCAACAGCAAUGGAAGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAACUCUGAAGUCUGUG----| AUGC ACA A UUUAG GGU AUACGCUAUGGGG AU CUGGCAUAGC C UCA UGUGUGGUACCCC UA GGCCGUAUCG A GGGGAAGGUAACGACAACCAC^ GA-- GA- C AUCCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-9580_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGGGACAAUACUGGCAUAGC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-9580_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUGCCGGCAUAGCCCCAUGGU -59
Get sequence
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