MirGeneDB ID | Cpi-Mir-9578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9578 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-9578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. picta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584745: 132134-132194 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUUCUCUACCUCUUGUUCUGUCCUGUUUUGGGACACAAGCAGAGCAUCUGCAUGACCUUCUCUACCUCAUGCUCUGCCUGUGUCCCAAAAUAGGCAGAACAUCUGCAUGACAGUAGAGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACUUCUCUACCUCUUG---| U A CUGCAUGACC UUCUG CCUGUUUUGGGACACA GCAGAGCAU \ AAGAC GGAUAAAACCCUGUGU CGUCUCGUA U GGAGAUGACAGUACGUCUAC^ - C CUCCAUCUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-9578_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037950 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGACACAAGCAGAGCAUCUG -22
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-9578_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAUGCUCUGCCUGUGUCCCAAA -61
Get sequence
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