MirGeneDB ID | Cmi-Novel-23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | CMI-NOVEL-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. milii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. milii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635923.1: 1695488-1695545 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-23) |
Novel-23
KI635923.1: 1695488-1695545 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-12 KI635923.1: 1695490-1695547 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AGCAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCACCUGGGAAAAACUUACCCAUAUGGCAAGCAACUAAUCUCAUCUAUGUGUAUAUUCAACAACAUAGAUGGGAUCAGUCGCUUGCCAUAUGGGCAACUUCCAGGCUCACACCAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUCCACCUGGGAAAAACUUA--| A A GUAUA CCCAUAUGGCAAGC ACU AUCUCAUCUAUGU U GGGUAUACCGUUCG UGA UAGGGUAGAUACA U CGACCACACUCGGACCUUCAAC^ C C ACAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cmi-Novel-23_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCAACUAAUCUCAUCUAUGU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cmi-Novel-23_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUAGAUGGGAUCAGUCGCUUGC -58
Get sequence
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