MirGeneDB ID | Cli-Mir-9644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9644 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-9644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. livia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. livia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold101: 12247024-12247081 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUGUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCAAACACUGGAACUGGUUGCCCAGAGGUGGUGUGGGGUUUGGAUCUCAGUUAAAAUCUCACUGGAGACCAUACUGCACAGCCUUCUCUAGGUGACCCUACUUGAGCAAAACAGUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUUCAAACACUGGAACU-- UG C U -| G U A - UAAA GGU CC AGAGG GG UGUG GGU UGG UCUC AGU \ CCA GG UCUCU CC ACAC UCA ACC AGAG UCA A UUGACAAAACGAGUUCAUC GU A U G^ G U - G CUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-9644_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGUGUGGGGUUUGGAUCUCAGU -23
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-9644_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GGAGACCAUACUGCACAGCCUUC -58
Get sequence
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