MirGeneDB ID | Cja-Mir-589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-589 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-589 Mml-Mir-589 Pab-Mir-589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Primates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021916.1: 15117650-15117710 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAAACUCAAGCCUGUGCCCAGCAGCCGCUGAGAACCACGUCUGCUCUGAGCCGGGUACUGCCUGUUCAGAACAAACACCGCUUCCCAGACGCUGCCAGCUGGCCCCGUUCCUCUGGAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACAAACUCAAGCCUGU---| CCA CG A CCAC- C C CGGGU GC GCAGC CUG GAA GU UG UCUGAGC A CG CGUCG GAC CUU CA AC AGACUUG C UUAGGUCUCCUUGCCCCGGU^ AC- CA C CGCCA A A UCCGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Although absent in M. murinus this locus is present in other lemurs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cja-Mir-589_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACCACGUCUGCUCUGAGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cja-Mir-589_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCAGAACAAACACCGCUUCCCAGA -61
Get sequence
|