MirGeneDB ID | Cja-Mir-3138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-3138 Mml-Mir-3138 Pab-Mir-3138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021917.1: 180200611-180200672 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCUGGAGCCUUCCCCUGCCCUCCUCAGCACUCCCCCCACUUCACUGCCUAGGUACCCACAAGACUGUAGACGGUGAGGUGGGGGGAGUUCUAAGGAGGGACAGCUGGGCCUGAGAGGCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCUGGAGCCUUCCCC- -| C C C GGUACCC UG CCCUCCU AG ACUCCCCCCACUUCACUG CUA A AC GGGAGGA UC UGAGGGGGGUGGAGUGGC GAU C GACGGAGAGUCCGGGUCG A^ A U A GUCAGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-3138_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCCCCCCACUUCACUGCCUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-3138_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GACGGUGAGGUGGGGGGAGUUC -62
Get sequence
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