| MirGeneDB ID | Cin-Mir-126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cin-Mir-126-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
1: 5485228-5485289 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-v2) |
Mir-126-v1
1: 5485228-5485289 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-126-v2 1: 5485228-5485289 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cin-Mir-126-v2 |
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| Seed | GUACCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAAAGUGCCGUAACUGGUUUUCGAUGCUGCCUUGUUACCUACGGUACCAGGUAGAAAGUAUGUCAUCUCGUACCGUGAGUAAUAAAGCAUUCUCGGGAGCUCAAUGCAACCGGUACUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAAAGUGCCGUAACU--| UU UGC C C C GUAGAAA GGUU CGA UGC UUGUUAC UACGGUAC AG G UCGA GCU ACG AAUAAUG GUGCCAUG UC U AUAUCAUGGCCAACGUAAC^ GG CUU A A C UACUGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cin-Mir-126-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUUGUUACCUACGGUACCAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cin-Mir-126-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CGUACCGUGAGUAAUAAAGCAU -62
Get sequence
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| Variant | Cin-Mir-126-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAAAGUGCCGUAACUGGUUUUCGAUGCUGCCUUGUUACCUACGGUACCAGGUAGAAAGUAUGUCAUCUCGUACCGUGAGUAAUAAAGCAUUCUCGGGAGCUCAAUGCAACCGGUACUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAAAGUGCCGUAACU--| UU UGC C C C UAGAAA GGUU CGA UGC UUGUUAC UACGGUAC AGG G UCGA GCU ACG AAUAAUG GUGCCAUG UCU U AUAUCAUGGCCAACGUAAC^ GG CUU A A C ACUGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cin-Mir-126-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUUGUUACCUACGGUACCAGG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cin-Mir-126-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCGUACCGUGAGUAAUAAAGCAU -62
Get sequence
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