| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1840 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-1840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr37: 25734791-25734851 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUUAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGCAGGCGCGGGCCGCGCUCUCCCGGCGGUUAGGGCGCGUCACGUGACGGGCUCGUCGCUCCGCCGUCACGUGACGGGCCUCGGCGGCCGGGGCUGCGCUCUCCGCGGCGUGCGCCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCGCAGGCGCGGGCC--| UC G UA G GGCUCGU GCGC UCCCGGC GU GGGC CGUCACGUGACG \ CGCG GGGGCCG CG UCCG GCAGUGCACUGC C CCCCGCGUGCGGCGCCUCU^ UC G GC G CGCCUCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1840_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUUAGGGCGCGUCACGUGACG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cfa-Mir-1840_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCACGUGACGGGCCUCGGCGGC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1840 miRDB: MIMAT0006679 |
