| MirGeneDB ID | Cel-Mir-86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-86 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-86 Cbr-Mir-86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 11936654-11936719 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUUAAAAGAGACACGUGUCCACGCCGUCUAAGUGAAUGCUUUGCCACAGUCUUCGAUGUUCUGAAAUGAAGCCUGGGCUCAGAUUCGCUUAGGCCGGAGUUUGACACGGCAUUUUUCUAAUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUUAAAAGAGACACG- C- G -| G UU A U UUCGAUGUU UGUC AC CC GUCUAAGUGAAU CU GCC CAG C \ ACAG UG GG CGGAUUCGCUUA GA CGG GUC G C CUAUAAUCUUUUUACGGC UU A C^ - CU - C AAGUAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-86_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUGAAUGCUUUGCCACAGUC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000059 TargetScanWorm: cel-miR-86 |
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| Star sequence | Cel-Mir-86_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CUGGGCUCAGAUUCGCUUAGGC -66
Get sequence
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