| MirGeneDB ID | Cel-Mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-253 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrV: 5780532-5780596 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUUAUUUAGAAUUGUUCCGAUCGCCGCUCUUUUCACACACCUCACUAACACUGACCACCGAUGCAUAGAUGUUAGUAGGCGUUGUGGGAAGGGCGGCGACAGUGAACGUCGUUUCUCAUUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUUAUUUAGAAUUGUUCCGA-- UU -| A C CUGACCACC UCGCCGCUCUU CAC AC CCU ACUAACA \ AGCGGCGGGAA GUG UG GGA UGAUUGU G AUAUUACUCUUUGCUGCAAGUGAC GG U^ C - AGAUACGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-253_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUCACACACCUCACUAACA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000309 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-253_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUAGUAGGCGUUGUGGGAAGGG -65
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004215 TargetScanWorm: cel-miR-253 |
