| MirGeneDB ID | Cel-Mir-1829-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1829 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-4812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-1829-P1 Cel-Mir-1829-P2 Cel-Mir-1829-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 15242784-15242843 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1829-P4) |
Mir-1829-P3
chrX: 15236364-15236423 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1829-P4 chrX: 15242784-15242843 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGAGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUUUGUUCUCUUUUUAUAAGUAAGAAGUAAGAGCGCUUGUAGUGAGUUGUCAAAAAUUGAGUAUGACAACCACUGCAAUUUCUCUAUUACAUUUUUGGAUGGGCAAAAUUGUAUCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUUUGUUCUCUUUUUAUAAG - --| CGC A AAAAAU UAAGAA GUA AGAG UUGUAGUG GUUGUC \ GUUUUU CAU UCUC AACGUCAC CAACAG U GAACUAUGUUAAAACGGGUAG- A UA^ UUU - UAUGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-1829-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGAGCGCUUGUAGUGAGUUGUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cel-Mir-1829-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAACCACUGCAAUUUCUCUAUU -60
Get sequence
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