| MirGeneDB ID | Cel-Mir-1823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1823 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-1823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-1823-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrI: 12608635-12608692 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1823-v2) |
Let-7-P9
chrI: 12594583-12594643 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-794 chrI: 12595704-12595762 [+] UCSC Ensembl Mir-1823-v1 chrI: 12608635-12608692 [+] UCSC Ensembl Mir-1823-v2 chrI: 12608635-12608692 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cel-Mir-1823-v2 |
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| Seed | UACUGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUAUUAAUUCCCCUUUGACCUGAACGUCACCCCUAACCCUAUGCAGUAUUUGGAGCUCAUAAAAUACUGGAAGUGUUUAGGAGUAAUGCUCAGUUGUCAGAAUUUGUGAAACUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUAUUAAUUCCCCUUU -- A C C -| C AUG GGAG GAC CUGA CGU AC CCU AAC CU CAGUAUUU C CUG GACU GUA UG GGA UUG GA GUCAUAAA U UAUUCAAAGUGUUUAAGA UU C A A U^ U AG- AUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-1823-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0032035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCCUAACCCUAUGCAGUAUUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-1823-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUACUGGAAGUGUUUAGGAGUAA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0006590 TargetScanWorm: cel-miR-1823 |
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| Variant | Cel-Mir-1823-v1 |
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| Seed | ACUGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUAUUAAUUCCCCUUUGACCUGAACGUCACCCCUAACCCUAUGCAGUAUUUGGAGCUCAUAAAAUACUGGAAGUGUUUAGGAGUAAUGCUCAGUUGUCAGAAUUUGUGAAACUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUAUUAAUUCCCCUUU -- A C C -| C AUG UGGAG GAC CUGA CGU AC CCU AAC CU CAGUAUU C CUG GACU GUA UG GGA UUG GA GUCAUAA U UAUUCAAAGUGUUUAAGA UU C A A U^ U AG- AAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-1823-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0032035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCCUAACCCUAUGCAGUAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-1823-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACUGGAAGUGUUUAGGAGUAA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0006590 TargetScanWorm: cel-miR-1823 |
