| MirGeneDB ID | Cel-Lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LSY-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrV: 10647237-10647301 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUACUAAUUUCUGAAAAAUAAGCCAUCAAAUGCGUCUAGUAUCAAAAUCAUGUAAAAACUGUAAAACAGAUUUUGUAUGAGACGCAUUUCGAUGACGGGCACAACAGAGACACCGCCCAUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCCUACUAAUUUCUGAAAAAUAA ---- -| A U AUGUAAAAA GCC AUC AAAUGCGUCU GUA CAAAAUC \ CGG UAG UUUACGCAGA UAU GUUUUAG C AAUACCCGCCACAGAGACAACA-- GCAG C^ G - ACAAAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Lsy-6_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUGCGUCUAGUAUCAAAAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Lsy-6_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGUAUGAGACGCAUUUCGA -65
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000749 TargetScanWorm: cel-lsy-6 |
