| MirGeneDB ID | Bta-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NW_020192292.1: 5196477-5196535 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v2) |
Mir-505-v1
NW_020192292.1: 5196477-5196535 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 NW_020192292.1: 5196477-5196535 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Bta-Mir-505-v2 |
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| Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCGGGUGAUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUACCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCGUCACUGAAUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCGGGUGAUAAAUUG---| AC U G A UUCUAC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGU \ UGCG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCG C CUUUUAGGUGCUUAAGUCAC^ A- U G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bta-Mir-505-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Bta-Mir-505-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-505 |
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| Variant | Bta-Mir-505-v1 |
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| Seed | GGAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCGGGUGAUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUACCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUCUGGAGCGUCACUGAAUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCGGGUGAUAAAUUG---| AC U G A UCUAC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UGCG GGUC CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUUUUAGGUGCUUAAGUCAC^ A- U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bta-Mir-505-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Bta-Mir-505-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-505 |
