MirGeneDB ID | Bpl-Mir-87-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bko-Mir-87-o7 Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Brachionus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000573.1: 507118-507197 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCAGUCGAAUAAAAGUAAAUUUAACUAUUGCACUUGAAACAUUGUUCAAACCUUAGUUAGAAUGCUAAAAUAGAUAGCUAUUUUCAGGUGAGCAAAGUUUCAAGUGUGUUUGUUAAAAUUUAGAUCAUCAUCAGCAAUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UUCAGUCGAAUAAAAGUAAA--| UAU A AA UUAGUUAGAAUGCUAA UUUAAC UGCACUUGAAAC UUGUUC ACC A AAAUUG GUGUGAACUUUG AACGAG UGG A AUAACGACUACUACUAGAUUUA^ UUU A -- ACUUUUAUCGAUAGAU . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear whether this is a descendant of the original Mir-87-P1 or -P2 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bpl-Mir-87-o7_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCACUUGAAACAUUGUUCAAACC -23
Get sequence
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Mature sequence | Bpl-Mir-87-o7_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
58- GUGAGCAAAGUUUCAAGUGUGU -80
Get sequence
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